Theo thần tích các đình Yên Bình, đình Dương Đanh ở xã Dương Xá, Gia Lâm, Hà Nội thì Lý Khuê vốn là người làng Đại Trạch thuộc Tổng Đình Tổ (nay thuộc xã Đình Tổ, Thuận Thành, Bắc Ninh). Lý Khuê là một bậc Hào trưởng, văn võ kiêm toàn, đức độ, được nhân dân trong vùng mến mộ, tin tưởng.[1]

Sau khi Dương Tam Kha cướp ngôi nhà Ngô, các nơi không chịu thuần phục, các thủ lĩnh nổi lên cát cứ một vùng và đem quân đánh chiếm lẫn nhau, sử gọi là loạn 12 sứ quân. Năm 965, Ngô Xương Văn đi đánh thôn Đường và thôn Nguyễn bị phục binh bắn nỏ chết. Trong giai đoạn này, Lý Khuê đóng quân ở Siêu Loại (Thuận Thành), chiếm giữ vùng đất phía Nam sông Đuống của tỉnh Bắc Ninh (gồm các huyện Thuận Thành, Lương Tài, Gia Bình hiện nay).

Căn cứ vào thần tích và di vật còn ở Siêu Loại, Lý Khuê từng cho sửa lại thành Luy Lâu làm đại bản doanh. Nhưng thực chất chỉ là cái bẫy cho đối phương. Sự thật, ông đã bí mật cho đại quân kéo về ấp Cồi, nay thuộc làng Thư Đôi, xã Nguyệt Đức, huyện Thuận Thành xây dựng căn cứ chính.[2] Tại đây, Lý Khuê đã cho xây dựng ấp thành căn cứ quân sự: Đào ao toàn bộ xung quanh ấp, đắp lũy cao, rồi trồng tre gai thật dầy. Cả ấp chỉ để hai cổng ra vào. Riêng cổng ở Ngõ Dưới hướng lên phía bắc, ông cho xây dựng rất kiên cố. Bên ngoài cổng cho đắp một cái bãi hình mũi mác chĩa ra đường cái, gọi là Bãi Mác. Cạnh đấy, ông còn cho xây một đồn canh có hình thù rất kỳ dị và độc đáo: Đồn nửa chìm nửa nổi, phần nổi có hình như một cái bụng người nên gọi là Đồn Bụng. Riêng Đồn Bụng sau này đã bị quân Minh tàn phá nên đổi tên gọi là Vườn Bụng ở giữa ngõ Ngoài và ngõ Giữa. Còn bên trong cho đắp những gò đống để khi bí thế thì rút quân vào đấy. Chỗ này gọi là Tầm Bùi. Ông còn cho đào một cái ao khá lớn, xung quanh cũng trồng tre gai dày đặc, dưới ao cũng thả rau muống, rau ngổ cho lên cao tốt. Ở giữa ao cho đắp một cái gò khá rộng để họp bộ chỉ huy. Chỗ này gọi là Vườn Phủ.

Những ghi chép cho thấy, địa bàn hoạt động của sứ quân Lý Khuê nằm ở bờ nam sông Đuống thuộc tỉnh Bắc Ninh và một phần nhỏ ở Gia Lâm, Hà Nội ngày nay. Ông không xâm chiếm lãnh địa của các sứ quân khác mà hành động theo kế "Tọa sơn quan hổ đấu", tức là ngồi trên núi xem hổ đánh nhau chứ chưa thực sự nổi dậy, tranh hùng và mở rộng lãnh thổ.

Theo thần tích ở một số xã thuộc Thuận Thành, Bắc Ninh thì Lý Khuê đánh nhau với lực lượng của Đinh Bộ Lĩnh bị thua và mất ở làng Dương Xá (nay thuộc xã Dương Xá, Gia Lâm, Hà Nội).

Thần tích đền thờ Lưu Cơ ở làng Đại Từ, xã Đại Đồng, tỉnh Hưng Yên cho biết nơi đây cũng thuộc đất Siêu Loại cũ và là địa điểm tướng Lưu Cơ của Đinh Tiên Hoàng đóng quân để đánh dẹp sứ quân Lý Khuê.